「もう、誰も死なせたくない――。」
サンダー３、決意の敵陣突入!!

新生リベリオンによるふたば奪還作戦がついに始動！
しかし時を同じくして、敵艦の大軍が世界各所に出現し、日本以外の人類を全員消し去ってしまう──!!
悲しみに暮れながらも、捕虜ガゥードゥウの手引きによりサンダー３は敵艦の乗っ取りを実行、艦内を舞台に血肉を散らす激しい攻防戦が勃発する!!
一方、サンダー３不在の日本にも、侵略者の魔の手は伸びてきて────!?