渋谷の人々を助けるため、ジャンプで空を飛び現地へ急行するスモール３！
その頃、渋谷で戦うリベリオンは、増援で現れた二人組の異星人に翻弄され、壊滅寸前に陥っていた。
最後に残された瀬上もいよいよ瀕死の状態まで追いつめられてしまうが、そこへついにスモール３が降り立つ！
リベリオンのメンバー、そしてスモール３を追いかけてきたドク達が見守る中、渋谷を、日本を、人類を守るため、スモール３vs.異星人、いざ開戦――！！！