自衛隊の特攻――人類による、異星人への反逆を目の当たりにした大学生の瀬上。
そんな折、母親から届いたとある報せにより、自らも闘う決意を固めるのだった。
スモール３を連れ、リベリオンへ加入した瀬上は、ぴょんたろう達より一足先に、対異星人のゲリラ戦『渋谷ミッション』に出撃するが……!?
一方、異星人の船内で眠りこけてしまったぴょんたろうの妹・ふたば。
彼女が目覚めると、その周囲には夥しい数の武装兵が…!!
問答無用で猛攻撃をしてくる兵達に対し、ついにふたばも異星人に立ち向かうーー!!