異星人に攫われてしまった妹のふたばを救うため、“もう一つの世界”で手がかりを探すぴょんたろう達「スモール３」。
街中で一般人の親子を助けたため、武装した異星人に襲われてしまうスモール３だったが、そこでぴょんたろうの一撃がついに炸裂し――!?

一方、異星人の宇宙船内では、逃げ出してしまったふたばを捕獲すべく、強力な異星人の軍隊が動き出していた…。

異星人による侵略が次第に加速していく中、“ある男”と「スモール３」の出会いが、この世界の運命を大きく動かしていく――！！！