ナノマシンが有機物を取り込んで無限複製を繰り返す現象、グレイグーが発生してしまった茨城県つくば市。
鳥型や人型ナノマシンの群れをかいくぐって、ショッピングモールにたどり着いた女子高生の真夏、つむぎ、綾乃は、そこに避難していた同級生の弓月理々火と合流する。
モールの屋上に救助にやって来たヘリに乗り込もうとする4人だったが、真夏たちにはナノマシンの疑いがかかっており、乗車を拒否されてしまう。
理々火も含めた4人を残しヘリは飛び立つも、フクロウ型ナノマシンの襲撃を受けて墜落。
乗っていた自衛隊員、避難者は全員、ナノマシン化してしまう…！